【ストーリー】

舞台は、総人口の半分が失われたという地球規模の大災害「セカンドインパクト」から15年後の世界。主人公の碇シンジは、3年間会っていなかった父ゲンドウに呼び出され第3新東京市にやって来るが、その途中、巨大な謎の生命体「使徒」と国連軍との戦闘に巻き込まれる。第3新東京市の地下空間「ジオフロント」に存在する国連直属の特務機関「NERV」の最高司令であるゲンドウは、NERV本部に到着したシンジに、NERVが開発した汎用ヒト型決戦兵器・人造人間「エヴァンゲリオン」の一体、初号機を見せ、そのパイロットとなって使徒と戦うことを強いる。シンジは出来るわけがないと拒むが、もう一人のパイロット・綾波レイの重傷を目にし、エヴァに乗ることを決める。