【ストーリー】

「妖怪ウォッチ」劇場版シリーズ第6弾。超エリート学園を舞台に物語が展開する。トップクラスの能力を有する者だけが入学を許される超エリート校・Y学園。その学園で新たに設けられた選出基準『YSP』により選ばれたのが、寺刃ジンペイ。さらにジンペイたちには、学園の「不思議解明ミッション」が下される......。