【ストーリー】

再び、ザフトの新型ＭＳフリーダムガンダムに乗り込み、戦いを終わらすため戦場へと赴くキラ。 また、アスランも新平和を取り戻すためキラと共に戦うことを決意する。 だが、キラとアスランたちが目指す平和な時代の前で、ブルーコスモスの盟主アズラエルを筆頭とする地球連合軍と アスランの父・プラント最高評議会議長のザラが指揮するザフトによる核兵器を用いた惨劇が行われる。 ナチュラルとコーディネーター･･･、互いを滅ぼすべく激化する最終決戦の中、 ムウ、ナタル、フレイと多くの人々の命が散っていく。そんな中、アスランは父ザラの元へ向かい、キラは、人そのものの破滅を望むラウとの一騎打ちに挑む･･･。