【ストーリー】

TVシリーズ『コードギアス　反逆のルルーシュ』『コードギアス　反逆のルルーシュ R2』全50話を新作カットを加え再構成、オリジネルスタッフが再集結して贈る劇場版。シリーズ第2作。仮面の反逆者ゼロとして、反ブリタニア勢力・黒の騎士団を増強していくルルーシュと、第3皇女ユーフェミアの騎士に任じられるスザク。それぞれに力をつけていく二人に運命の転機が訪れる。エリア11副総督としてユーフェミアが行政特区「日本」の発足を発表したのだ。行政特区日本の実現は、黒の騎士団の存在意義の消失を意味する。状況を打開するため、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みる……。